La Junta de Gobierno es la instancia máxima del Mecanismo y principal órgano de toma de decisiones para la prevención y protección de Personas Defensoras de Derechos Humanos y Periodistas.

Las resoluciones que emita la Junta de Gobierno serán obligatorias para las autoridades federales, cuya intervención sea necesaria para satisfacer Medidas de Prevención, Medidas Preventivas, Medidas de Protección y Medidas Urgentes de Protección previstas en esta Ley.

Está conformada por nueve miembros permanentes con derecho a voz y voto,
Un representante de la Secretaría de Gobernación;
Un representante de la Procuraduría General de la República;
Un representante de la Comisión Nacional de Seguridad;
Un representante de la Secretaría de Relaciones Exteriores;
Un representante de la Comisión Nacional de los Derechos Humanos, y
Cuatro representantes del Consejo Consultivo elegidos de entre sus miembros.

Invitará a todas sus sesiones, con derecho a voz, a:
Un representante de la Oficina en México del Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Derechos Humanos;
Un representante de la Conferencia Nacional de Gobernadores;
Un representante del Poder Judicial de la Federación;
Al Presidente de la Comisión de Derechos Humanos del Senado de la República, y
Al Presidente de la Comisión de Derechos Humanos de la Cámara de Diputados.

Arts. 4, 5 y 6 de la Ley para la Protección de Personas Defensoras de Derechos Humanos y Periodistas